Na to pytanie odpowiedział Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 17 lutego 2026 roku (sygn. akt II FSK 694/23), potwierdzając, że wybór estońskiego CIT nie wyłącza stosowania przepisów o cenach transferowych.

O co chodziło w sporze

Sprawa dotyczyła spółki rozliczającej się ryczałtem od dochodów spółek, a więc stosującej przepisy rozdziału 6b ustawy o CIT. Spółka realizowała transakcje z podmiotami powiązanymi i miała wątpliwość, czy w tym reżimie nadal musi stosować regulacje dotyczące cen transferowych – w szczególności przepisy art. 11k–11t oraz art. 11e ustawy o CIT.

Argumentacja spółki była prosta: rozdział 6b reguluje zasady estońskiego CIT kompleksowo, a brak wyraźnego odesłania do przepisów TP oznacza – zdaniem spółki – brak obowiązków w tym zakresie, ponieważ nie ma odesłania do przepisów o cenach transferowych.

Stanowisko organu: brak wyłączenia oznacza obowiązek

Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej nie zgodził się z takim podejściem. Wskazał, że ustawa o CIT wprost wymienia regulacje, które nie mają zastosowania do podatników opodatkowanych ryczałtem od dochodów spółek. Skoro w katalogu wyłączeń nie ma art. 11k–11t ani art. 11e ustawy o CIT, to wybór estońskiego CIT nie znosi obowiązków w zakresie cen transferowych.

Organ zwrócił też uwagę na praktyczny aspekt funkcjonowania estońskiego CIT: spółka musi monitorować transakcje z podmiotami powiązanymi również w kontekście warunków korzystania z tej formy opodatkowania, w tym w zakresie warunku wskazanego w art. 28j ust. 1 pkt 2 lit. g ustawy o CIT. Innymi słowy, transakcje wewnątrzgrupowe pozostają istotne nie tylko „dla TP”, ale także z perspektywy bieżącej oceny, czy spółka spełnia wymogi estońskiego CIT.

„Estoński CIT nie znosi obowiązków w cenach transferowych. Spółka nadal musi monitorować transakcje z podmiotami powiązanymi, progi dokumentacyjne i rynkowość rozliczeń – szczególnie tam, gdzie relacje wewnątrzgrupowe mogą wpływać na warunki korzystania z ryczałtu.”

Sądy: przepisy TP mają charakter ogólny

Stanowisko organu podzielił Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu (sygn. I SA/Po 697/22). Sąd zaakcentował dwie tezy istotne dla praktyki:

• ✔️sam brak odesłania do art. 11k–11t lub art. 11e w rozdziale 6b nie oznacza, że przepisy te przestają obowiązywać,
• ✔️regulacje o cenach transferowych mają charakter ogólny i dotyczą podatników CIT, o ile ustawodawca wyraźnie nie wprowadzi wyłączenia.

Naczelny Sąd Administracyjny potwierdził tę logikę, wskazując, że sama forma opodatkowania nie wyłącza stosowania przepisów ogólnych dotyczących transakcji między podmiotami powiązanymi, tj. art. 11k–11t oraz art. 11e ustawy o CIT, bez jednoznacznego zastrzeżenia ustawodawcy.

Skutki dla biznesu: gdzie najczęściej powstaje ryzyko

Z perspektywy spółek na estońskim CIT kluczowe ryzyko jest procesowe: założenie, że TP „nie dotyczy”, może prowadzić do pominięcia monitoringu progów, braku lokalnej dokumentacji i braku spójności między rzeczywistym przebiegiem transakcji a dokumentacją i raportowaniem.

Dodatkowo, skoro transakcje z podmiotami powiązanymi mają znaczenie także w kontekście warunków korzystania z estońskiego CIT, ryzyko nie ogranicza się do samej dokumentacji TP a dotyczy również bieżącej kontroli modelu rozliczeń w grupie.

Rekomendacje i dobre praktyki

W świetle opisanej praktyki warto przyjąć podejście, w którym estoński CIT i ceny transferowe są analizowane równolegle:

• ✔️zidentyfikować transakcje z podmiotami powiązanymi oraz ocenić je pod kątem obowiązków dokumentacyjnych,
• ✔️monitorować progi i jednorodność transakcji (aby nie przeoczyć obowiązku local file),
• ✔️ zapewnić rynkowy charakter rozliczeń i spójność dokumentacji z rzeczywistym przebiegiem transakcji,
• ✔️ zweryfikować wpływ transakcji z podmiotami powiązanymi na spełnianie warunków estońskiego CIT, w tym tych wynikających z art. 28j ust. 1 pkt 2 lit. g ustawy o CIT.

W sytuacjach granicznych, gdy model rozliczeń w grupie jest nietypowy lub transakcje są istotne wartościowo, zasadne jest przeprowadzenie przeglądu TP przed zamknięciem roku i przygotowaniem dokumentacji.