Nowelizacja przepisów o kontroli celno-skarbowej istotnie zmienia pozycję podatnika w trakcie kontroli. Od 1 października 2025 r. ustawodawca wprowadza precyzyjne „okna czasowe” na złożenie deklaracji i korekt, umożliwiając realne ograniczenie sporów oraz szybsze zakończenie kontroli. To zmiana, która wymaga od podatników większej decyzyjności, ale jednocześnie daje im nowe, konkretne narzędzia procesowe.

Nowe przepisy w ustawie o KAS
Od 1 października 2025 r. obowiązuje nowelizacja ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej oraz ustawy o VAT (Dz.U. z 2025 r. poz. 894), wprowadzająca zmiany korzystne dla podatników. Nowe regulacje pozwalają na złożenie nie tylko korekty, ale również pierwszej (zaległej) deklaracji w ściśle określonych oknach czasowych: 14 dni od doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli oraz 14 dni od doręczenia wyniku kontroli. Po tych terminach dokumenty złożone przed zakończeniem postępowania nie wywołują skutków prawnych. To przepisy wprost znowelizowanych art. 62 i 82 ustawy o KAS.
Częściowa korekta i ograniczenie sporów
Nowe rozwiązania pozwalają podatnikom skorygować deklarację jedynie w zakresie, w którym zgadzają się z ustaleniami organu. W pozostałej części kontrola będzie mogła zostać przekształcona w postępowanie podatkowe, obejmujące wyłącznie kwestie wymagające dalszego wyjaśnienia. W praktyce powinno to przyczynić się do skrócenia postępowań i zmniejszenia obciążeń administracyjnych. Takie rozwiązanie stanowi również realizację zasady proporcjonalności i ma sprzyjać szybszemu zakończeniu kontroli.

„Nowe regulacje w ustawie o KAS przesuwają ciężar kontroli z długotrwałego sporu na szybkie rozstrzygnięcie kluczowych kwestii. Dla podatników oznacza to realną szansę na zamknięcie kontroli na wczesnym etapie, pod warunkiem świadomego i terminowego działania.”
Deklaracja po wszczęciu kontroli i skutki podatkowe
Zmieniony art. 62 ust. 4 ustawy o KAS jednoznacznie przesądza, że złożenie deklaracji w ciągu 14 dni od wszczęcia kontroli może skutkować jej zakończeniem. W przypadku zapłaty wykazanego zobowiązania podatkowego nie będą naliczane dalsze odsetki za zwłokę. Dodatkowo, w zakresie podatku VAT przewidziano korzystniejszą sankcję – w wysokości maksymalnie 15% w sytuacji, gdy deklaracja zostanie złożona w terminie 14 dni od dnia wszczęcia kontroli (art. 112b ust. 2a ustawy o VAT).
Cel zmian i przepisy przejściowe
Nowelizacja ma wzmocnić zasadę zaufania do organów podatkowych i ograniczyć liczbę sporów między podatnikami a administracją skarbową. Warto pamiętać, że zgodnie z przepisami przejściowymi, kontrole wszczęte przed 1 października 2025 r. (jeżeli termin na złożenie korekty rozpoczął się przed 1 października 2025 r.) będą nadal prowadzone na dotychczasowych zasadach.